Het Scheepvaartmuseum is ondergebracht in het voormalige gebouw van de Admiraliteit, 's Lands Zeemagazijn', uit 1656. Het gebouw ligt letterlijk in het water, in de oude haven van Amsterdam. Samen met NEMO is het Scheepvaartmuseum beheerder van het oostelijk deel van het Oosterdok, inclusief de kades. 

Momenteel is het museum gesloten vanwege een grootscheepse renovatie van zowel de binnen als buitenruimtes. Er komt onder meer een transparante kap over de binnenplaats van waaruit de verschillende tentoonstellingen een directe toegang krijgen. Voor meer informatie over de verbouwing zie de website van het museum:
www.scheepvaartmuseum.nl 

Opdrachtgever: Scheepvaartmuseum, Rijksgebouwendienst
Architect: Liesbeth van der Pol (Zijnstra & Van der Pol)
Meer informatie: www.scheepvaartmuseum.nl